Není-li disk již rozdělen z jiného operačního systému, lze použít program cfdisk. Každý disk lze rozdělit na nejvýše 4 primární části. Další možností je vytvoření logických disků, pak ale můžeme mít nejvýše 3 primární části. Pozor -- zde se mohou vyskytnout problémy. Rozdělíme-li nový disk v Linuxu a potom na příslušnou část nainstalujeme DOS, může se stát, že po naformátování DOS-disku se tento tváří býti veliký jako je původní kapacita celého pevného disku. Takto se ale chová jen příkaz dir a format, zatímco fdisk udává správnou velikost jednotlivých částí, stejně jako cfdisk v Linuxu. Řešení je následující (podrobně viz. man fdisk): po rozdělení disku pomocí cfdisk spustíme příkaz
Před rozdělením disku bychom si měli ujasnit, jakým způsobem budeme operační systém Linux zavádět neboli bootovat (viz. odstavec 2.3). Zvolíme-li LILO (odstavec 2.3.1) nebo GRUB (odstavec 2.3.2), bootable flag pak nastavíme na tuto část disku.
Máme-li naopak disk již rozdělen na několik částí (Linux Native, Linux Swap a další části pro jiný operační systém) a rozhodneme se některou ne-linuxovou část používat výhradně v Linuxu2.2, lze tuto část zformátovat příkazem
Pokud máme počítač už s nainstalovaným jedním operačním systémem a potřebujeme změnit rozdělení disku při zachování určité oblasti, můžeme využít utilitu PartEd. Tento program umožňuje rozdělení disku včetně změn velikosti již existujících oblastí nedestruktivním způsobem. Bližší informace viz.
Tento program ale neumí pracovat s NTFS disky. V takovém případě můžeme využít program PartitionMagick, který ovšem není volně k dispozici.